防化指挥工程学院前身是原化学兵学校、哈尔滨军事工程学院防化兵工程系和南京军事学院防化兵指挥系。1986年更名为防化指挥工程学院。

　　防化指挥工程学院是一所为全军培养中、初级防化指挥军官，中、高级防化专业技术军官和全国人防防化干部的综合性军事院校。指挥与工程类均设有硕士研究生学位。学员来源，一是从全军部队中招收品学兼优的战士骨干及初级防化指挥军官；二是从全国地方高中毕业生中择优录取。毕业学员享受军官待遇。军事指挥本科学员毕业后，可获得军事学士学位，工程技术本科学员毕业后，可获得理学士或工学士学位；研究生毕业授予相应的硕士学位。